Doğu Türkistan, tarihte birçok Türk İmparatorluklarına merkezlik yapmıştır. Tarihi kaynaklarda, Teoman Yabgu tarafından M.Ö. 220 yılında kurulduğu kaydedilen Büyük Hun İmparatorluğu'nun asırlarca hakimiyeti altında bulunan Doğu Türkistan; bu imparatorluğun M.S.430 yıllarında yıkılmasından sonra, başka bir Türk Devleti'nin hakimiyeti altında bulunmuştur. Bu devlet; Göktürk Devleti'dir. M.S.552 yılından itibaren varlığını hissettirmeye başlayan Göktürk Devleti, bütün Türkistan hükümdarlarını itaati altına alarak, büyük bir imparatorluk meydana getirmiştir. 660 yılında bir ara Çin istilasına uğrayan Doğu Türkistan, Kapağan Han zamanında Çiniler'den geri alınmıştır (699).

Göktürk İmparatorluğu'nun zayıflamasıyla, hakimiyet yeni Türk devletinin eline geçmiştir. Türkeş Devleti, Karluk Devleti ve Uygur Devleti gibi devletlerin idarelerinden sonra, Türk tarihinin en büyük devletlerinden olan Karahanlılar Devleti, Doğu Türkistan'a yeni bir ruh ve anlayış kazandırmıştır. Bu devreye kadar (840-1212) Türk toplumlarında, tek tük İslam olma vakıaları görülmekteyse de, Karahanlılar devrinde İslam Dini Türk milletinin vazgeçilmez hayat kaynağı olmuştur. Öteden beri hiç bir yabancı dine iltifat etmeyen Türkler, Karahan Devleti'nin devlet politikası içerisinde kısa zamanda İslamlaşmışlardır.

Karahanlılar'dan sonra, Karahıtaylılar ve Mogollar devrini de yaşayan Doğu Türkistan, 1760 yılında Çin-Mançur istilasına maruz kalmıştır. Mançurların ülkeye girişleriyle korkunç bir işkence ve zulüm devri başlamış, buna tahammül edemeyen Türkler, zaman zaman Mançur yönetimine karşı ayaklanmışlardır. Bu ayaklanmalar içerisinde 1863 yılında, bütün ülke çapında başlatılan kurtuluş hareketi kısa zamanda gelişmiş ve Yakup Han Bay Devleti'nin gayretiyle Çinliler ülkeden çıkartılarak milli bir devlet kurulmuştur.

14 sene devam eden bu yeni devlet, aynı zamanda, Osmanlı idaresiyle temasa geçen ve Osmanlı Devleti'ne tabi olan ilk Doğu Türkistan Devleti olmuştur. Yakup Han Bay Devlet'in ölümünden sonra, Doğu Türkistan tekrar 1876 yılında Çin-Mançur yönetimine geçmiştir.

İşte bu tarihten sonra Doğu Türkistan'da korkunç bir imha ve asimile hareketi başlatılmış, Doğu Türkistan ismi değiştirilerek 'Sinkiang' -ilhak edilmiş toprak- denmiş, diğer bütün şehir, kasaba, makam v.s. isimleri Çinlileştirilmiştir.

1934-1944 yılları arasında, bir ara Sovyet Rusya yönetiminde kalan Doğu Türkistan, Rusların meşhur işkence ve katliam hareketlerine sahne olmuştur.

1944'ten sonra tekrar Çin idaresinin baskısı altında bulunmuş, 1949 yılından sonra da komünist Çin kuvvetlerinin istilasına uğramıştır. O günden bu yana Doğu Türkistan, komünist rejim tarafından en katı ve acımasız bir şekilde yönetilmiştir.

Ancak, şunu kaydetmeden geçmeyelim. 1876 yılından beri, Doğu Türkistan'da şövenist bir idare kuran bütün Çin iktidarları döneminde, hemen her yıl büyük ayaklanmalar ve direniş hareketleri vukubulmuştur.

1933 yılında Hacı Hoca Niyaz ve 1940 yılında Osman Baturların liderlik ettiği Kumul Ayaklanması neticesinde kurulan ve fakat devam edemeyen 'Şarki Türkistan Devleti' 1944 yılında Ali Han Töre liderliği altında vukubulan ayaklanma ve tekrar kurulan 'Şarki Türkistan Devleti', 1947'de halkın tekrar Çin'e baskıları neticesinde kurulan 'Dr.Mesut Sabri Hükümeti' 1950 yılında tekrar Osman Batur ve Canım Han Hacıların direnişleri, 1958, 1962, 1965, 1968 yıllarındaki büyük ayaklanmalar; bu dönemdeki kurtuluş hareketlerinin başlıcalarıdır.

1953 yılında bütün Doğu Türkistan çapında Çinliler'in gayri insani uygulamalarına karşı genel bir silahli ayaklanma baş gösterdi. Komünist Çin ordularının komutanı olarak Doğu Türkistan'ı işgal eden ve Doğu Türkistan celladı olarak bilinen Vang Cin 'Devrim aleyhtarı unsurları yok etmek' sloganı ile 250 000 'den fazla dini zatları ve aydınları tutuklayarak çeşitli işkencelerle öldürdü. Doğu Türkistan toprakları şehitlerin kanı ile sulandı.

1955 yılında Hoten'de Atçu ve Aksu'da büyük çapta ayaklanmalar meydana geldi. Çin işgal ordusu silahsız halk üzerine ağır silahlarla ateş açarak yüzlerce Türkü öldürdü. Binlerce kişi zindanlara atıldı, işkencelerle öldürüldü, binlerce kişi de ağır çalışma kamplarına sürüldü.

1962 yılında 9 siyasi yeraltı teşkilatı siyasi yönden harekete geçti. İli ve Çöçek bölgelerinde gösteriler düzenlendi. Çin askerleri göstericilerin üzerine ateş açarak bu gösterileri kanlı şekilde bastırdı. 1 milyondan fazla Türk, bölgeden Kazakistan'a ilticaya mecbur bırakıldı.

1967-1968 yılları arasında müslüman Türk halkı tarafından kurulan 300'den fazla silahlı teşkilat ortaya çıkarıldı. Mensupları tutuklanarak kurşuna dizildi.

1969 yılında Ahunoğlu (Ahunov) Mecit liderliğindeki bir silahlı teşkilat, ayaklanma öncesi yönetim tarafından haber alındı. Teşilat üyeleri acımasızca kanla bastırılarak şehit edildi.

1970 yılında Eyalet Hükümet Başkan Yrd.Eminoğlu (Eminov) 'un da içinde bulunduğu 23 bin'den fazla 'Gizli bir Siyasi Partinin ' üyeleri ayaklanma arafesinde bastırıldı. Eminoğlu başta olmak üzere lider kadro idam edildi. Bu defaki bastırma harekatında Merkezi Çin Yönetim, Doğu Türkistan'da ilçe derecesindeki Çinli yetkililere 'idam cezası verme yetkisi ' verdi. Binlerce vatansever genç aydın Çinli vahşilerce öldürüldü ve bir kısmı da çalışma kamplarına sürüldü.

Bu tür kanlı hadiselerden 10 yıl sonra, 1981 yılında Doğu Türkistan'ın Merkezi Ürümçi şehrinde ilk defa demokratik mücadele patlak verdi. İşçiler başta olmak üzere her kademedeki halk kitleleri Çinliler tarafından bir suikast sonucu öldürülen Abdulhamit Mesut'un kanlı cesedini sokaklarda gezdirerek açık şekilde 'insani haklarımızı canımız pahasına da olsa koruyacağız' , 'Kana Kan - Cana Can!' gibi sloganlar atarak Eyalet Komunist Partisi Merkezi önünde gösteri yaptı. Komünist yönetim, Çin Anayasası'ndaki gösteri yapma hürriyetini çiğneyerek, açık şekilde bu gösteriye müdahale etmemekle beraber katılanları tespit etti ve gizli bir şekilde hepsini tutuklayıp cezalandırdılar.

1985 yılının Aralık ayında 10 bin'e yakın Müslüman Türk öğrenci, Ürümçi Üniversitesi'nde dersleri 1 hafta süre ile boykot ederek sokaklarda gösteri yaptılar. Daha sonra Çin'in Pekin, Nancing ve Şanghay gibi büyük şehirlerindeki üniversiteli Türk öğrenciler de bu eylemleri desteklemek için bulundukları yerlerde gösteri yaptılar. Bunlar, yönetimden, Doğu Türkistan'daki 'Atom Denemeleri'nin durdurulması, Çinli göçmen akınına son verilmesi, demokratik seçme ve seçilme hakkının tanınması, Doğu Türkistanlı Müslüman Türklerin  insani, milli hak ve hukuklarının iadesi gibi yasal ve masum taleplerde bulundular. Çin idaresini uzlaşma yolu ile bazı vaadlerde bulunmaya mecbur bıraktı. Fakat bu gelişmelerden çok kısa bir süre sonra öğrenciler okulsuz, diplomasız ve işsiz bırakıldı. Bazı öğrenci liderleri gizlice tutuklandı.

1989 yılında Ürümçi'de Müslümanlar, İslamiyet'e yapılan hakaret ve saldırıların durdurulması ve demokratik hakların verilmesini talep ederek gösteriler yaptılar.

1990 yılının Nisan ayı başlarında Kaşgar'ın Baren kasabasında Çin işgal yönetimine karşı silahlı ayaklanma patlak verdi. Doğu Türkistan İslam Partisi'nin mücahitleri cihad ilan ederek Çin askerlerine karşı savaştı. Büyük bir bölümü çarpışmalarda şehit oldu. Binlerce Müslüman Türk tutuklandı. Bu olay Çin hükümetini derinden sarstı.

1992 yılının Aralık ayında dünyanın dört bir yanından gelen Doğu Türkistan Muhacirlerinin Temsilcileri Sosyal ve Kültürel Kuruluşların Başkanları ile ileri gelen aydınları Türkiye'nin İstanbul sehrinde bir araya gelerek 3 gün süren 'Doğu Türkistan Milli Kurultay'ını tertip ettiler. Doğu Türkistan Müslümanlarının bu çilekeş ve muzdarip temsilcileri Doğu Türkistan Halkının fiziki ve kültürel varlığını, milli kimliğini imhayı hedef alan uygulamalarını, insanlığa, dünya barışına ve milletlerarası dostluk ve işbirliği ülküsüne karşı işlenmekte olan ağır insanlık suçu olduğunu bütün dünyaya ilan ettiler. Milli Kurultay ayrıca, Doğu Türkistan'ın yeniden bağımsız bir devlet olarak doğuşu için gerekli politikaları tespit ve kabul etti.

Günümüzde Doğu Türkistan Türkleri her zamankinden daha çok azim ve inançla Birleşmiş Milletlere vücut veren temel ilkelere, İnsan Hakları Evrensel Beyannamesinde belirtilen bütün hak ve hukukun kendilerine de tanınması yolunda büyük bir mücadele içindedir.